Trabajando en un proyecto de los que a mí me gustan, ligeritos (ejem), nos encontramos que al borrar un field que contenía un field collection, el Cron daba un error tal que así:

Error running field_cron: exception; EntityFieldQueryException; with message; Campo desconocido: field_roto; in /var/www/web/dominio.com/includes/entity.inc:779

No hay solución fácil para esto, pero siempre se puede hacer un apaño. Recomiendo encarecidamente hacer una copia de seguridad antes de hacer esto:

drush sql-cli
DELETE FROM field_config WHERE field_name = 'field_roto';
DELETE FROM field_config_instance WHERE field_name = 'field_roto';
quit

Con esto el Cron debería ejecutarse con éxito.